DNA甲基化檢測

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(1)DNA甲基化測序RRBS
Reduced Representation Bisulfite Sequencing(RRBS)是一種準確、高效、經濟的DNA甲基化研究方法,通過酶切富集啟動子及CpG島區域,并進行Bisulfite測序,同時實現DNA甲基化狀態檢測的高分辨率和測序數據的高利用率。
研究結果充分證明了RRBS技術的可靠性。RRBS可作為一種更高效經濟的研究方法,可應用于檢測全基因組啟動子和CpG島區域DNA甲基化狀態。

 
(2)Illumina Human 甲基化450K芯片服務
    每張芯片包含45萬個CpG 位點,24846個基因來自于CCDS,2000多個 癌癥相關基因、 400 個miRNA 基因啟動子區 ,300個甲基化熱點區。全面覆蓋基因的啟動子區域、5`UTR、第一個exon、基因內部、3`UTR,全面覆蓋CpG island、CpG shores、CpG shelves;并且覆蓋了科學家們研究發現的一些其它重點區域,如:CpG island以外的CpG位點、在人類干細胞中觀察到的非CpG島甲基化位點、多種腫瘤樣品與正常樣品以及不同組織之間有差異的甲基化位點、miRNA啟動子區域以及GWAS項目發現的疾病相關區域位點、FANTOM 4 啟動子等。
實驗流程:
1.基因組DNA;
2.亞硫酸氫鹽轉化;
3.VCA方式擴增、片段化;
4.芯片雜交、洗脫、延伸、成像;
5.數據分析.


(3)DNA甲基化免疫沉淀測序服務(MeDIP-seq)
   DNA甲基化 免疫共沉淀測序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP-Seq)先用5'-甲基胞嘧啶抗體富集胞嘧啶甲基化的基因組片斷,然后對富集的片段進行高通量測序。該方法檢測范圍覆蓋全基因組,所需測序數據量較少,但不能在單堿基分辨率水平上檢測DNA胞嘧啶甲基化狀態。


                                       研究流程示例(上圖)
                                           MeDIP-Seq實驗流程(上圖)


                   MeDIP-Seq數據分析流程


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